19年我们有一个股东（A）是公司的法人，当时公司账面上做了与A的往来款30万，有一个股东（B）不是明面上的股东（私下协议的股东），也在账面做了与B的往来款30万，后来在2020年11月时，老板私下出资了几百万从他们两个人手里分别购买了股权(私下有购买股权的协议)，把法人A变更为法人C,同时法人A的股权变更给了法人C（已做工商税务变更），当时公司账面上亏损165万。由于是私下走的款，账上一直到现在还挂着欠他们各自30万的其他应付款，这种要怎么处理，把这些往来整理掉？
处理方式是：做两笔公司跟老板的往来款，然后用这两笔往来款平掉两个股东的往来款， 附件补充是签一个三方协议。这样处理会不会有问题呀？
因为两个股东都已经不在我们这里了，这两笔款也已经挂了三年了，现在是想把这个款清掉，另外怕后期把这个公司卖掉或者合并给上市的公司的时候再来处理这个会不会更加麻烦？