情况大致如下：公司有总分公司设置，目前只有总公司有业务，分公司没有业务，总公司注册在东莞，分公司注册在深圳，目前有困境如下：
（1）由于公司很多员工是深圳人员，需要买社保、住房公积金在深圳购买，希望以后有更多优惠，这就导致员工社保购买在深圳分公司，而公司实际收入以及费用、资产在东莞；
（2）总公司当初注册在东莞是为了有更多优惠，但是实际经营活动全部不在东莞，人员上班又在深圳分公司所在地；公司纳税全部在东莞总公司，深圳分公司连续好多月零申报。
东莞税局已经警告我们多次，我也将其中风险跟老板沟通多次，年底老板决定，深圳和东莞两地同时布局产线和业务，东莞和深圳两地都布局一部分人员上班，深圳分公司为东莞总公司代加工业务，在这种模式下，财务就需要拿出一个合理的方案来设置公司的业务架构和组织架构，避免经营风险和税务风险同时，还能保证让公司运营成本最小，利润最合理，让我有点犯难，因为从未接触过这样业务，查找了很多资料，心里也未有谱，我目前的设想思路是：
（1）每月在深圳分公司开票一部分加工业务，具体开票金额参照公司发生的费用情况，然后根据产品的利润点来推算收入；
（2）公司的费用发生情况：a.将属于在分公司产品线的资产，从总公司销售给分公司，然后每月计提折旧；b.由于人员导致产生的费用，薪酬等，和人事以及老板沟通尽量将大部分人员布局在总公司，只保留少量人员薪酬和社保类放在分公司，去做员工工作；c.相关属于各自人员的费用报销发生放在对应所属公司；
（3）物料存货情况，每月财务下指示告诉相关部门下委外订单给深圳分公司加工，按照正常物流处理流程；
以上，是目前能想到一些基础处理方式，不知哪位专家有没有关于这个方面一整套的处理的方式，谢谢。